Название Тропарёво происходит от имени его первого известного владельца – митрополичьего боярина Ивана Михайлович Тропаря (†1393). Деревянная церковь Илии Пророка в Тропарёве впервые упоминается в XVI веке, когда оно принадлежало Юрию Пушечникову. В Смутное время село было сожжено, в середине XVII века пустошь Тропарёво находилась во владении дьяка приказа Казанского Дворца Ивана Ивановича Переносова и его родственников. Переносов поселил там крестьян, построил деревянную церковь Покрова Божией Матери с приделами свт. Николая и Пророка Илии.

С 1667 года Тропарёво принадлежало князю Ивану Михайловичу Коркодинову (с 1692 года – боярину) и его родственникам. Братья Ивана Михайловича стольники Андрей и Фёдор Михайловичи, служили воеводами в Уфе и Нижнем Новгороде. Ещё один брат – Алексей также имел придворный чин стольника. В 1689 году хозяином Тропарёва был его сын князь Пётр Алексеевич Коркодинов (†1717), стольник, женатый на княжне Евдокии Васильевне, дочери князя Василия Фёдоровича Долгорукова, владельца подмосковного Подмоклова. При нем в Тропарёве упоминается двор с хозяйственными постройками. 1713 году Коркодинов построил каменную церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Сохранявшаяся в селе деревянная Покровская церковь в 1717 году была свезена в Спасо-Входоиерусалимский монастырь в Верее (упразднён в 1764 году).

Выстроенная из кирпича ныне существующая церковь представляет собой стройный ярусный храм типа «восьмерик на четверике», который завершается звонницей с высоким глухим барабаном. К летнему храму примыкают трёхчастная апсида и низкая тёплая трапезная с северным одноглавым приделом Трёх Святителей Московских. Здание декорировано в стиле «московского барокко»: его украшают сдвоенные полуколонки, узорчатые карнизы, фигурные наличники окон, перспективный портал.

После П. А. Коркодинова селом владела его дочь девица Александра по разделу с сестрой Екатериной. Во второй половине XVIII века Тропарёво перешло к князю Алексею Васильевичу Хованскому (1731–1792) и впоследствии не раз меняло владельцев. После 1812 года среди хозяев села были подпоручица А. П. Лопухина и титулярная советница Ф. А. Скуратова. В 1852 году Тропарёво приобрёл профессор судебной медицины А. О. Армфельдт (†1868), похороненный на кладбище у Покровской церкви (могила не сохранилась). Его потомкам усадьба принадлежала до 1917 года. Деревянный усадебный дом не сохранился, осталась лишь часть большого парка.

Покровскую церковь закрыли в 1937 году. В 1960 году здание признано памятником федерального значения, взято под охрану государства и в 1970-х годах отреставрировано.

Церковь возвращена епархии в 1991 году. Проведены восстановительные работы, изготовлена и смонтирована ограда, въездные ворота и калитки, благоустроена территория вокруг церкви.